Kolaborujúci cirkevní funkcionári brojili proti zmenám ešte aj po 17. novembri 1989

 
Dňa 21. novembra 1989 sa v priestoroch Cyrilometodskej bohosloveckej fakulty v Bratislave objavili letáky pozývajúce bohoslovcov na zhromaždenie pri soche Jána Hollého pri Dóme sv. Martina. Dekan fakulty a jeden zo zakladajúcich členov prorežimného kňazského združenia Pacem in terris (PiT) Štefan Janega plagáty strhol a študentov varoval, aby nerobili hlúposti.

Napriek tomu sa pri soche zišlo asi 180 študentov, čo bola viac než polovica z celkového počtu.

Dňa 22. novembra 1989 študenti teológie spísali petíciu s požiadavkami. Dekan Janega sa ich počínanie snažil prekaziť. O štyri dni neskôr študenti prehlásili, že podporujú úsilie Občianskeho fóra i VPN. Janega dokonca vystúpil v televízii a ostro odsúdil študentské hnutie. Okrem toho sa ako tzv. ordinár Nitrianskej diecézy vyhrážal kňazom suspendovaním, ak budú podporovať spoločenské zmeny.

Prehlásenia na podporu spoločenských zmien vydali aj kňazi jednotlivých diecéz, pričom kňazi Nitrianskej diecézy explicitne žiadali aj odluku cirkvi od štátu. Asi o dva týždne vydalo aj 150 gréckokatolíckych kňazov spoločné prehlásenie na podporu VPN.

Najdôležitejšie funkcie na bohosloveckej fakulte a v kňazskom seminári zastávali členovia PiT, ktorí mal garantovať, že na fakulte budú študovať len takí, čo sú lojálni k režimu. Listom z 30. novembra študenti žiadali arcibiskupa Sokola (agent ŠtB s krycím menom Svätopluk), aby týchto profesorov a funkcionárov odvolal. Na ich prednáškach sa odmietli ďalej zúčastňovať. Na druhý deň sa vzdali funkcie tajomník fakulty Ladislav Ostrák (vedený ako agent ŠtB s krycím menom Seminár), rektor kňazského seminára Karol Bartal (agent ŠtB s krycím menom Karol) a prefekt Karol Krajči (agent ŠtB s krycími menami Básnik a Jasný). Prodekan Jozef Krajči radšej narýchlo odcestoval do zahraničia. Bol známy okrem iného aj tým, že 25. marca 1988 v Slovenskom rozhlase vystúpil proti sviečkovej manifestácii a chválil štát, ako sa stará o cirkev.

PiT bolo normalizačným nástrojom komunistického režimu vnútri samotnej cirkvi, kvôli čomu ho pápež Ján Pavol II. zakázal. Napriek zákazu združenie pokračovalo ďalej. Jeho členovia napríklad tlieskali ministrovi kultúry Miroslavovi Válkovi, ktorý na ich zasadnutí v apríli 1988 obhajoval zásah proti sviečkovej manifestácii. PiT svoju činnosť ukončilo až 7. decembra 1989.

Dňa 20. novembra sa uskutočnilo stretnutie kňazov trnavskej diecézy. Celé dopoludnie sa pod vedením arcibiskupa Sokola preberala téma náboženskej výučby detí. Popoludní, keď už bola situácia napätá, Anton Srholec povedal, že nastáva celospoločenský pohyb a kňazi sa tu bavia akoby nič. Sokol na neho kriticky zaútočil. Srholec sa nakoniec vyslovil, že bude historickou hanbou, že cirkev stojí mimo celospoločenského pohybu.

Sokol odmietol aj požiadavku zriadiť farské rady a zapojiť aktívnych laikov do diania v cirkvi. Na požiadavku umožniť kňazom štúdiá v zahraničí reagoval slovami, že o tom rozhodne ministerstvo kultúry v apríli 1990.

Dňa 4. decembra 1989 sa v Trnave uskutočnilo ďalšie stretnutie kňazov s arcibiskupom Sokolom. Kňazi chceli riešiť situáciu na bohosloveckej fakulte, situáciu okolo združenia Pacem in Terris a tiež situáciu na bratislavských farách, kde stále pôsobili farári kolaborujúci s komunistickým režimom.

Arcibiskup Sokol odmietol debatu o týchto témach. Keď Pavol Flajžík žiadal rozpustiť Pacem in Terris a chcel, aby cirkev žiadala zrušenie dozoru štátu nad cirkvou, Sokol odmietol diskutovať aj o tom. Na Srholcovu námietku, že arcibiskup by mal pamätať, akú významnú funkciu zastáva, Sokol reagoval, že on vie, čo treba. Keď kňaz Marián Červený prečítal návrh požiadaviek cirkvi, Sokol aj tie odbil slovami, že nič také nie je potrebné.

V napätej situácii, po Sokolovej neochote k zmenám a po opakovaných útokoch voči Antonovi Srholcovi sa Srholec vzdal pôsobenia v bratislavskom kostole Blumentál, kde bol stále farárom predseda PiT Ján Zabák (agent ŠtB s krycím menom Žitava).

Podobne ako Jozef Krajči vystúpil v marci 1988 proti sviečkovej manifestácii aj hlavný ideológ PiT Štefan Záreczký. V príhovore v Slovenskej televízii očierňoval organizátorov a vyzval ľudí, aby na Hviezdoslavovo námestie v Bratislave nechodili. Arcibiskup Sokol ho ponechal v Bratislave až do jeho smrti roku 1995.

Ján Zabák bol síce roku 1990 z Bratislavy preložený, ale od roku 2000 pôsobil opäť v Bratislave až do svojej smrti roku 2009. Ladislava Ostráka roku 2013 arcibiskup Zvolenský presunul späť do Bratislavy, kde rok pôsobil ako správca Kostola sv. Alžbety.

Jozef Krajči pôsobil na Právnickej fakulte Univerzity Mateja Bela v Banskej Bystrici a na Fakulte práva Janka Jesenského Vysokej školy Danubius v Sládkovičove. Vysoká škola v Sládkovičove mu roku 2011 dokonca udelila čestný titul doctor honoris causa.

Štefanovi Janegovi udelila roku 1997 obec Trenčianska Teplá čestné občianstvo. Nuž a o arcibiskupovi Sokolovi, agentovi ŠtB s krycím menom Svätopluk, sa toho už napísalo viac než dosť.